Nel complesso erano custoditi due dipinti di grande pregio: la pala Madonna col Bambino e santi Girolamo, Cristina, Francesco e Antonio di Padova, commissionata dai Fregoso, signori del luogo, a Pietro da Cortona per l'altare della chiesa, oggi esposta nel museo, e il dipinto di Pedro Berruguete, Cristo morto sorretto da due angeli, requisito in età napoleonica e trasportato alla Reale Galleria di Brera nel 1809, dove è collocato tuttora.
Eretto nel 1560, il convento di san Girolamo è stato adibito a sede museale nel 2005 dopo un lungo intervento di restauro e di adeguamento degli spazi.
Nato grazie all'iniziativa di un gruppo di santagatesi desiderosi di riscoprire le proprie origini, il Museo delle Arti Rurali si compone di due sezioni: la sezione di arte sacra, che riunisce le suppellettili e i paramenti, di notevole pregio artistico, provenienti dalla chiesa e dal convento di San Girolamo, e la sezione di arte rurale, che ha finalità sociali e rieducative e si propone di rinnovare l'insegnamento di padre Marella, il quale negli anni 1950-1970 raccolse nell'ex convento orfani, disabili e diseredati, insegnando loro l'arte contadina.
Accanto all'esposizione di manufatti realizzati dall'artigianato contadino locale, il museo accoglie infatti vere e proprie sale-laboratorio dove tutti coloro che sono interessati, e in particolare ragazzi portatori di handicap, acquisiscono abilità manuali e apprendono gli antichi mestieri rurali trasmessi dagli anziani del luogo. Sono oggetto di insegnamento le attività di ebanisteria, per il recupero dei mobili d'arte povera, di tessitura, effettuata con telai e altri strumenti appartenenti alla tradizione, di decorazione e stamperia mediante l'uso di stampi lignei e di colori naturali. È inoltre possibile apprendere le arti della lavorazione dei cesti, del vasellame e del ferro battuto.
Nel museo è sito anche un archivio-biblioteca al quale fa capo una scuola interna di rilegatoria e di fabbricazione della carta con prodotti naturali.
